W poprzednich generacjach gier Pokémon, gry które pojawiały się w jednej generacji były pełni kompatybilne ze sobą. Można było bez przeszkód walczyć albo wymieniać się, jednak Omega Ruby i Alpha Sapphire wprowadziły nowe ruchy, zdolności oraz Mega Ewolucje. Brak patcha dodającego nowości do X/Y znacznie skomplikował kompatybilność pomiędzy grami tej samej generacji.
On-Line

Walki pomiędzy graczami mającymi Omega Ruby & Alpha Sapphire nie posiadają ograniczeń – można używać wszystkich nowych rzeczy. Jednak gdy chcemy zmierzyć się z kimś mającym Pokémon X lub Y musimy przestrzegać pewnych restrykcji. Gra poinformuje nas, czy team jaki wybraliśmy do walki może być użyty czy nie, ale zabronione są:
- nowych Mega Ewolucji
- Pokémonów znających nowe ruchy z Omega Ruby & Alpha Sapphire
- Pokémonów z nowymi Ablities z Omega Ruby & Alpha Sapphire
Battle Spot w Omega Ruby & Alpha Sapphire także się zmieniło. W Free Battle pojawił się nowy system matchmakingu, który nigdy nie sparuje między sobą graczy mających Omega Ruby/Alpha Sapphire oraz X/Y. W Rating Battle pojawiły się zaś podziały na Ligi.
ΩR/αS League: Tylko dla graczy posiadających Omega Ruby/Alpha Sapphire. W tej lidze możemy używać tylko Pokémonów złapanych, wyklutych oraz rozdawanych w Pokémon X, Y, Omega Ruby lub Alpha Sapphire.
XY League: Tylko dla graczy posiadających X/Y. W tej lidze możemy używać wszystkich Pokémonów, łącznie z tymi z przeniesionych z Pokémon Black, White, Black 2 lub White 2.
Podczas walk z graczami z X lub Y, gra powiadomi nas o przejściu na „Kalos Rules”. Jeśli nasz team nie spełnia wymogów, zostaniemy poinformowani co nie pasuje i zostanie zaoferowanie możliwość usunięcia itemów.
| Gra przeciwnika | Free Battle | Rating Battle | ||
|---|---|---|---|---|
| Pokémon X & Y | Pokémon ΩR/αS | |||
| Wszystkie Pokémony National Dexu | Tak | Tak | Tak | Tak |
| Nowe przedmioty z X/Y | Tak | Tak | Tak | Tak |
| Nowe przedmioty z Omega Ruby/Alpha Sapphire | Nie | Tak | Tak* | Tak* |
| Nowe ruchy z Omega Ruby/Alpha Sapphire | Nie | Tak | Tak* | Tak* |
| Nowe Mega Ewolucje z Omega Ruby/Alpha Sapphire | Nie | Tak | Tak* | Tak* |
| Primal Reversion z Omega Ruby/Alpha Sapphire | Nie | Tak | Tak* | Tak* |
| Cosplay Pikachu | Jako zwykłą Female Pikachu | Tak | Tak | Tak |
* Można używać, ale nie walkach pomiędzy X/Y a ΩR/αS.
Wymiany

Wymiany pomiędzy X/Y oraz Omega Ruby/Alpha Sapphire także posiadają kilka restrykcji. Nie możemy wymieniać:
- Pokémon z X/Y nie może trzymających Discount Coupon
- Pokémonów z Omega Ruby/Alpha Sapphire trzymających nowe Mega Stone
- Pokémonów znających nowe ruchy z Omega Ruby & Alpha Sapphire
- Pokémonów z nowymi Ablities z Omega Ruby & Alpha Sapphire
Wymiany pomiędzy Omega Ruby lub Alpha Sapphire nie mają ograniczeń.
| Gra przeciwnika | Wonder Trade | GTS | ||
|---|---|---|---|---|
| Pokémon X & Y | Pokémon ΩR/αS | |||
| Wszystkie Pokémony National Dexu | Tak | Tak | Tak | Tak |
| Nowe przedmioty z X/Y wraz z Mega Stone |
Tak | Tak | Tak, tylko prócz Mega Stone | Tak, tylko prócz Mega Stone |
| Nowe przedmioty z Omega Ruby/Alpha Sapphire wraz z Mega Stone |
Nie | Tak | Tak, tylko prócz Mega Stone | Tak, tylko prócz Mega Stone |
| Nowe ruchy z Omega Ruby/Alpha Sapphire | Nie | Tak | Nie | Nie |
| Cosplay Pikachu | Nie | Tak | Nie | Nie |
PokeBank

PokeBank jest pełni kompatybilny z Omega Ruby oraz Alpha Sapphire od momentu debiutu tych gier, jak i X oraz Y. Aplikacja nie przechowuje itemów. Pokémon może być przeniesiony z OR/AS do XY przez PokeBank, jednak tylko jeśli nie zna nowych ruchu.
| Wszystkie Pokémony National Dexu | Tak |
| Nowe ruchy z Omega Ruby/Alpha Sapphire | Tak |
| Cosplay Pikachu | Nie |

