Malamar to ziemno-wodny Pokémon przypominający odwróconą do góry nogami kałamarnicę. Z górnej części jego niebieskofioletowej głowy wyrasta kilka fioletowych macek z jasnoniebieskimi spodami. Ma żółte oczy z czarnymi twardówkami, ciemnoróżowy pysk przypominający dziób oraz jaśniejsze, fioletowe powieki. Jego główne ciało jest ciemnofioletowe i ma sześć okrągłych, żółtych świateł z przodu oraz z tyłu. Wokół górnej części ciała biegnie również niemal pełny pas żółtego światła. Główne ciało Malamara osłania przezroczysty płaszcz z dwoma białymi płetwami u dołu, które pełnią funkcję nóg. Po obu stronach płaszcza znajduje się długa macka z ciemnoróżową górną częścią i białymi, sierpowatymi płetwami na końcach. Krawędzie płetw Malamara są podobno niezwykle ostre, a podczas walki mogą być dodatkowo wzmacniane energią psychiczną.

Malamar posiada silne zdolności hipnotyczne, które uznawane są za najpotężniejsze spośród wszystkich Pokémonów. Wprowadza ofiary w hipnozę, błyskając światłami na swoim ciele i wykonując określone, hipnotyczne ruchy. Wykorzystuje swoje moce, by zwabić inne Pokémony, które uznaje za zdobycz, po czym oplata je mackami i wykańcza za pomocą płynów trawiennych. Malamar potrafi również hipnotyzować ludzi i zmuszać ich do wykonywania jego poleceń; osoby znajdujące się pod jego kontrolą tracą wspomnienia związane z tym wydarzeniem, gdy hipnoza przestaje działać. Hipnotyczne moce Malamara bywają wykorzystywane przez ludzi do niecnych celów, a według przekazów miały wpływ na kilka wydarzeń, które zmieniły bieg historii. Jak pokazano w odcinkach A Conspiracy to Conquer! oraz Facing the Grand Design!, Malamar jest bardzo inteligentny — niemal na poziomie człowieka — i potrafi obsługiwać urządzenia zaprojektowane oraz używane przez ludzi.

Zarówno seria animowana, jak i Pokémon Trading Card Game przedstawiają Malamara jako Pokémona żyjącego w pobliżu wody lub nawet pod wodą. Jak pokazano w odcinku Kalos, Where Dreams and Adventures Begin! z serii Pokémon the Series: XY, Malamar używa swoich macek do napędzania się podczas pływania, poruszając się „nogami” do przodu.

Przed Generacją VIII oraz w Generacji IX Malamar i jego preewolucja, Inkay, byli jedynymi znanymi Pokémonami zdolnymi nauczyć się ruchu Topsy-Turvy.