Hydreigon to trzygłowy, smoczy Pokémon z sześcioma cienkimi, czarnymi skrzydłami na grzbiecie, z których każde kończy się dwoma punktami. Jego ciało jest głównie ciemnoniebieskie, a szyje i ramiona pokrywa czarna sierść. Dwie boczne szyje pełnią także funkcję ramion, posiadając stawy przypominające łokcie i barki. Mimo trzech głów Hydreigon jest jedną istotą, w przeciwieństwie do swojej wcześniejszej formy, Zweilous.

Boczne głowy Hydreigona nie mają mózgów i nie myślą samodzielnie — nie poruszają się z własnej woli. Mózg znajduje się wyłącznie w głównej, środkowej głowie. Wewnętrzna sierść wokół głów ma kolor fuksji i przypomina kołnierze. Głowy Hydreigona mają czarne oczy; główna posiada dodatkowo fuksjowe źrenice i widoczne, ostre zęby, podczas gdy oczy bocznych głów są prostsze i nie mrugają. Na brzuchu oraz ogonie znajdują się fuksjowe pasy, a ogon kończy się czarną kępką.

Hydreigon to brutalny i niszczycielski Pokémon. Atakuje wszystko, co się porusza, uznając to za wroga. Mimo tego w obecności Trenera potrafi być posłuszny. Jego trzy głowy atakują na zmianę i nie przestają, dopóki cel nie zostanie pokonany. Hydreigon potrafi też używać trzech paszcz jednocześnie, aby błyskawicznie pożerać niemal wszystko.

Mówi się, że Hydreigon jest bardzo inteligentny, choć jego myśli stale skupiają się na destrukcji. Rzadko spotyka się go na wolności, ale zdarzały się relacje o osobnikach spadających z nieba i atakujących przechodniów. W wielu opowieściach Hydreigon niszczył całe wioski. Ze względu na swój wzrok boi się Noiverna nocą.

Uważa się, że jego dzikość może wynikać z tego, jak traktowali go ludzie w dawnych czasach. Starożytni wierzyli, że Hydreigon jest wcielonym złem, dlatego stale go atakowali. Iron Jugulis przypomina Hydreigona — według jednej z teorii może być futurystyczną hybrydą powstałą z połączenia Hydreigona i maszyn, choć istnieje też plotka, że jest dzieckiem Hydreigona, który zakochał się w maszynie.