Zekrom jest czarnym, dwunożnym Pokémonem przypominającym skrzydlatego, gadziego smoka. Jego ciało jest głównie węglowo-czarne, z głęboko czarnymi fragmentami w różnych miejscach. Ma czerwone twardówki, białe tęczówki i czarne źrenice, a na końcu pyska znajduje się niewielka wypustka przypominająca róg.

Na głowie Zekroma znajduje się grzebień przypominający burzową chmurę, zakończony jasnoniebieskim kolorem. Gdy otwiera pysk, widać sześć par spiczastych zębów — dwie w górnej szczęce i cztery w dolnej. U podstawy szyi ma czarny, ćwiekowaty element, a na barkach podobne, większe części przypominające pancerne naramienniki.

Podobne pancerne elementy znajdują się również u nasady jego skrzydeł. Skrzydła Zekroma mają wachlarzowaty, rozłożysty i pozornie błoniasty kształt, z niewielkim kolcem na jednej z krawędzi. Dolne części jego ramion przechodzą w szerokie, błoniaste formy przypominające nieco rękawice baseballowe, pod którymi znajdują się ciemne, trójpazurzaste dłonie.

Przednia część talii Zekroma jest czarna, a na jego brzuchu i udach biegną cienkie, podłużne prążki. Kolana są czarne, podobnie jak przednie części jego trójpazurzastych stóp oraz kolczaste pięty. Ogon Zekroma tworzy duża, okrągła, stożkowata i kolczasta struktura, z czarnym wnętrzem oraz obręczami na końcowej części zewnętrznej.

Gdy emocje Zekroma gwałtownie rosną, aktywuje on tryb Overdrive, a jego ogon rozświetla się niebieskim światłem.

Uśpioną formą Zekroma jest Dark Stone.

Według legend Unovy Zekrom i Reshiram powstały z jednego smoczego Pokémona, którym władali dwaj bliźniaczy bohaterowie — Prawdy i Ideałów — gdy rozdzielił się on na dwa byty. Zekrom wspiera każdego, kto chce stworzyć idealny świat, dlatego sprzymierzył się z młodszym bratem. Reshiram stanął natomiast po stronie starszego brata, który dążył do prawdy.

Oba smocze Pokémony walczyły ze sobą, lecz były równe siłą i żaden nie był w stanie zwyciężyć. Bracia zakończyli więc konflikt i zgodzili się, że żaden z nich nie miał pełnej racji. Ich synowie odziedziczyli jednak te przeciwstawne przekonania i wznowili spór. Region Unova został później spustoszony przez połączoną moc błyskawic Zekroma i ognia Reshirama, zanim oba Pokémony zniknęły.

Zekrom przemienia się w Dark Stone, gdy jego ciało zostanie zniszczone lub gdy zostanie zaatakowany przez przypominające macki wypustki Kyurema. Może dobrowolnie powrócić do swojej normalnej formy, gdy zostanie przebudzony przez bohatera wierzącego w ideały.

Zekrom lata po Unovie, ukrywając się w burzowych chmurach. W ogonie ma potężny generator, którego używa do wytwarzania elektryczności. Jest ona na tyle silna, że może przypalić świat. Zekrom i Reshiram aktywują nawzajem swoje generatory ogonowe, gdy jednocześnie używają odpowiednio ogromnej błyskawicy i ogromnego płomienia, wzmacniając oba ataki.

Gdy wnętrze ogona Zekroma zaczyna obracać się niczym silnik, Pokémon razi swoje otoczenie serią potężnych wyładowań elektrycznych. W mitologii mówi się, że Zekrom unicestwia błyskawicami królestwa ludzi, którzy utracili prawość w swoich sercach.

W filmach Pokémon the Movie: Black - Victini and Reshiram oraz White - Victini and Zekrom pokazano, że Zekrom potrafi porozumiewać się telepatycznie. Lubi Zekrom Treats przygotowywane przez Snackswortha, który spotkał go kiedyś w przeszłości.

Zekrom jest jedynym znanym Pokémonem, który może nauczyć się ruchu Bolt Strike przez zdobywanie poziomów. Dodatkowo Zekrom i Black Kyurem są jedynymi znanymi Pokémonami, które mogą nauczyć się ruchu Fusion Bolt przez zdobywanie poziomów. Są również jedynymi znanymi Pokémonami, które mogą posiadać Zdolność Teravolt.