Manaphy to niewielki, mityczny Pokemon wodny o unikalnej, błękitnej barwie. Posiada krótkie nogi oraz ramiona przypominające maczugi, które są dłuższe niż całe jego ciało. Na klatce piersiowej Manaphy’ego widnieje czerwony klejnot, pod którym znajduje się mała, żółta kropka. Jego głowa w kształcie cebulki zwieńczona jest parą długich niebieskich czułków zakończonych małymi sferami. Oczy Pokemona mają ciemnoniebieskie tęczówki i żółte twardówki, a znad nich wyrastają charakterystyczne żółte znaczenia przypominające rzęsy. Co ciekawe, aż 80% ciała Manaphy’ego składa się z wody, co czyni go niezwykle wrażliwym na stan otaczającego go środowiska. Manaphy wykluwa się z unikalnego Jaja, które swoim wyglądem (niebieska skorupa z żółtymi kropkami i czerwonym rdzeniem) zdradza zawartość. Jako jedyny spośród mitycznych Pokemonów posiada zdolność rozmnażania się, jednak z jego jaj zawsze wykluwają się Phione – mniejsze stworzenia, które często towarzyszą mu w grupach, choć ich dokładna relacja ewolucyjna wciąż pozostaje zagadką dla badaczy. Znany jako „Książę Mórz”, Manaphy potrafi pokonywać ogromne dystanse, by powrócić do miejsca swoich narodzin na mroźnym dnie oceanu. Legendy głoszą, że rzadko pojawia się u wybrzeży regionu Hisui. Posiada on niezwykły dar – rodzi się ze specjalną mocą, która pozwala mu nawiązać silną, emocjonalną więź z każdym człowiekiem i Pokemonem, którego spotka. Potrafi również uczyć się ludzkiej mowy, a nawet porozumiewać się w niej, co czyni go jedną z najbardziej inteligentnych istot morskich. W sferze walki Manaphy jest niezwykle potężnym sojusznikiem. Jako typ Wodny dysponuje bardzo wysokimi, idealnie zbalansowanymi statystykami. Posiada zdolność Hydration, która w trakcie deszczu natychmiast leczy go z wszelkich negatywnych statusów. Manaphy jest jedynym znanym Pokemonem zdolnym do nauki ruchu Heart Swap (Zamiana Serc), który pozwala na zamianę zmian statystyk z przeciwnikiem. Dodatkowo, wspólnie z Phione, włada ruchem Take Heart, wzmacniającym jego potencjał specjalny przy jednoczesnym leczeniu problemów statusowych. To idealny wybór dla trenerów, którzy szukają mitycznej potęgi zdolnej zapanować nad każdym oceanem.