Cobalion to czworonożny Pokémon, który łączy cechy jelenia i kozy. Jego ciało pokrywa wodnoniebieskie futro, a na głowie znajdują się postrzępione, żółte rogi przypominające kształtem błyskawice. Pysk Cobaliona ma jaśniejszy odcień niebieskiego niż reszta ciała, a od nosa aż po tył głowy biegnie czarne znaczenie. Na jego długiej szyi i tylnych nogach widoczne są niewielkie szare plamki. Pod szyją ma biały kosmyk futra przypominający żabot.

Na łopatkach Cobaliona znajdują się żółte wypustki podobne do płetw. Jego ogon przypomina te same elementy, choć ma kolor taki jak pysk. Nogi Cobaliona zdobią czarne pasy, poniżej których znajduje się jaśniejsze futro, a zakończone są dużymi, czarnymi kopytami. Mówi się, że ciało Cobaliona jest wykonane ze stali.

Cobalion ma podobno serce ze stali. Według legendy wraz z pozostałymi Swords of Justice rzucił wyzwanie ludziom, aby chronić inne Pokémony przed utratą domów spowodowaną ekspansją ludzkości. Podczas walki Cobalion prowadził inne Pokémony w bezpieczne miejsce. Trójka Swords of Justice nie ufa ludziom z powodu wojny, która doprowadziła do pożaru lasu na obszarze Moor of Icirrus.

Jego spojrzenie potrafi sprawić, że nawet niesforny Pokémon zacznie go słuchać. Cobalion od urodzenia miał podobno aurę przywódcy i potrafi uspokoić nawet najbardziej zaciekłych przeciwników. Zarówno w Pokémon the Series, jak i w Pokémon Adventures pokazano, że może stworzyć energetyczne ostrze wyrastające z jego głowy.

Cobalion uwielbia Cobalion Treats przygotowywane przez Snackswortha, który w przeszłości spotkał go i podążał za nim. Cobalion wykazuje podobieństwo do Iron Crown, który jest uznawany za możliwego potomka Cobaliona albo za zaawansowaną broń jedynie przypominającą tego Pokémona.

W Generacji V Sacred Sword był jego ruchem charakterystycznym.