W grach Pokémon Ruby i Pokémon Sapphire wprowadzono zupełnie nowe, wcześniej niespotykane rodzaje Pokeballi. W przypadku wcześniejszych gier Pokémon Gold/Silver/Crystal spotkaliśmy się z kulkami tworzonymi z Apricornów – tu, ten pomysł został wycofany. Nowe rodzaje możemy zdobyć w różnych lokacjach, a każdy z nowych PokeBalli ma inne zastosowanie.
| Obrazek | Nazwa | Opis | Lokacja |
|---|---|---|---|
 |
Dive Ball | Pokeball ten działa najlepiej na Pokémony z którymi walczymi pod wodą. | Abandoned Ship, Mossdeep City |
 |
Luxury Ball | Sprawia, że Pokémon jest bardziej przyjazny | Abandoned Ship |
 |
Nest Ball | Stworzony by łatwiej łapać Pokémony z niższym poziomem | Route 120, Verdanturf City |
 |
Net Ball | PokeBall stworzony specjalnie do łapania Pokémonów o typie wodnym i robaka. | Mossdeep City |
 |
Premier Ball | Pokeball o takich samych właściwościach jak zwykły, różniący się jedynie wyglądem. | Rustboro City, w PokeMartach jako gratis za zakup więcej niż 10 Pokeballi. |
 |
Repeat Ball | Pokeball, przeznaczony do łapania Pokémonów, które już posiadamy. | Route 116, Rustboro City |
 |
Time Ball | Daje większą szansę na złapanie Pokémona, czym walka trwa więcej tur. | Droga 110 – Trick House (drugie zadanie), Rustboro City |
