Zygarde to zielono-czarny Pokémon złożony z mniejszych jednostek znanych jako Zygarde Cores i Zygarde Cells, które wspólnie określają jego wygląd oraz poziom mocy, łącząc się w różne formy procentowe. We wszystkich formach Zygarde’a jego Cores i Cells są przedstawiane jako zielone oraz czarne sześciokąty, które świecą podczas ataku. Pokazano również, że Zygarde potrafi latać we wszystkich swoich formach.

Zygarde jest strażnikiem ekosystemu świata Pokémonów i odpowiada za monitorowanie go pod kątem nieprawidłowości z miejsc takich jak Terminus Cave w Kalos czy Resolution Cave w Aloli. Opisywany jest jako istota dążąca do korygowania nadmiaru, odnajdywania umiaru i przywracania równowagi. Potrafi odwracać efekty Fairy Aura Xerneasa oraz Dark Aura Yveltala, dzięki czemu utrzymuje równowagę cyklu życia i śmierci.

Zwykle Zygarde unika angażowania się w konflikty, chyba że ekosystem znajduje się w poważnym niebezpieczeństwie. Wiadomo również, że w razie potrzeby potrafi prosić ludzi o pomoc w ochronie ekosystemu, choć nadal pozostaje ostrożny wobec tych, którym nie ufa. W mandze Pokémon Adventures oraz w Pokémon the Series określano go jako „Z”.

W serialu animowanym jeden Zygarde Core oraz dwa Zygarde w 50% Forme miały zielone elementy ciała zmienione na czerwone pod wpływem broni Team Flare wykorzystującej energię Mega Evolution. Ponadto wszystkie ich formy zostały przedstawione jako zdolne do komunikowania się z ludźmi za pomocą telepatii.

Zygarde jest jedynym znanym Pokémonem zdolnym do nauczenia się ruchów Land's Wrath, Thousand Arrows, Thousand Waves oraz Core Enforcer. Jest również jedynym znanym Pokémonem, który może posiadać Ability Aura Break i Power Construct.