Greninja to dwunożny Pokémon przypominający żabę. Jest głównie ciemnoniebieski, z żółtą klatką piersiową i brzuchem, białym trójkątnym oznaczeniem nad każdym okiem, jasnoniebieską czteroramienną gwiazdą na każdym udzie oraz żółtym ubarwieniem dolnej części twarzy.

Ma czerwone oczy z białymi źrenicami, a jego usta są ukryte za dużym, różowym językiem, który owija się wokół szyi niczym szalik i wystaje za głową. Przez środek jego głowy biegnie płetwiasty wyrostek, a podobne płetwy znajdują się po bokach głowy. Łączy je jasnoniebieska błona.

Na każdym łokciu i kolanie Greninja ma duże, białe wybrzuszenie przypominające bąbelek. Jego tylne stopy mają po dwa palce, a przednie po trzy. Każdy palec zakończony jest zaokrągloną końcówką i połączony żółtą błoną.

Greninja potrafi sprężać wodę i formować z niej różne bronie służące do cięcia przeciwników. Najczęściej tworzy wodne gwiazdki do rzucania, które są w stanie przeciąć metal. W serialu animowanym oraz w serii Super Smash Bros. pokazano również, że potrafi tworzyć wodne katany i kunai.

To nieuchwytny Pokémon, którego ruchy są szybkie, płynne i pełne gracji, niczym u ninja. Wykorzystuje swoją prędkość, by dezorientować przeciwników i bawić się nimi, jednocześnie atakując ich wyjątkowo ostrymi Water Shurikenami.

Greninja może także tworzyć shurikeny ze śluzu wydzielanego z ud. Są to ostre pociski zdolne przecinać stalowe liny. Jak pokazano w serialu animowanym, język Greninji jest niezwykle długi — wielokrotnie dłuższy od jego ciała — i na tyle silny, że potrafi złapać oraz przytrzymać człowieka.

Zazwyczaj jednak Greninja trzyma język owinięty wokół szyi jak szalik. Dzięki temu język wyczuwa ruchy powietrza, co pozwala Greninji wykrywać przeciwników, których nie widzi.

W VI generacji Mat Block był jego ruchem charakterystycznym. W IX generacji jego ruchem charakterystycznym jest Water Shuriken.