Kluczowym aspektem w grze Pokemon Pinball prócz łapania jest także ewoluowanie Pokemonów. W grze możemy uchwycić tylko podstawowe formy Pokemonów – wymagane jest wejście do trybu ewolucji jeśli chcemy zdobyć je wszystkie.
Aby go aktywować musimy załadować PokeBall w lewą stronę stronę, by bila przeleciała obok Ditto lub Slowpoke’a. Po tej czynności, w okolicach Pokemonów pojawia się niedostępna część stołu z dziurą do której trafić piłkę. Gdy nam się uda z listy wybieramy Pokemona, którego chcemy ewoluować – mamy na to dwie minuty. Musimy uderzyć trzy razy w lokalizacje, które wskazują nam strzałki.
Jeśli natomiast w trybie ewolucji wybierzemy Pokemona, który był w pełni ewaluowany możemy dać mu oznaczenie EX – w ten sposób zdobędziemy 10.000.000 punktów!
