Liczba odcinków: 64
Master Quest jest ostatnią serią, której akcja rozgrywa się w regionie Johto. W tym sezonie Ash wraz z Misty i Brockiem podróżują po Wirujących Wyspach, gdzie odbywają się miejscowe rozgrywki wodnych Pokémonów, w których Ash oraz Misty biorą udział.
Przygody ukazane w tym sezonie dzieją się od Cianwood aż po Alabastię. W ostatniej części przygód w Johto będzie nam nadal towarzyszył i usiłował przeszkodzić trójce przyjaciół, znajomy Zespół R.
Mamy także szansę spotkać starych znajomych. Już po raz kolejny w tym regionie – Casey, czyli trenerkę, która, tak jak jej rodzina, jest fanką drużyny baseballowej Electabuzzów i kocha Pokémony żółte z czarnymi pasami. Innymi znajomymi postaciami są Sakura, czyli jedna z sióstr Kimono Girls, którą spotkali wcześniej w Johto League Champions, znany z pierwszego sezonu Richie, który jest rywalem oraz jednocześnie przyjacielem Asha, a także Gary, który po przegranej z Ashem w Srebrnej Konferencji, postanowił zostać profesorem, tak jak jego dziadek.
Podczas trwania wspólnej podróży drużyna łapie nowe stworki – Misty zdobywa Corsolę, a Ash Phanpy’iego. Doczekujemy się także ewolucji Poliwhirla w Politoeda oraz Pineco Brocka w Forretressa.
Ash w końcu zdobywa ostatnie, brakujące mu, trzy odznaki – pokonuje Jasmine, Pryce’a oraz Clair i walczy w Lidze Johto, gdzie zajmuje miejsce w najlepszej ósemce. W końcu, nasz bohater żegna się z Misty i Brockiem, każdy idzie dalej swoją drogą. Misty wraca do Azurii, a Brock do Marmorii, za to Ash razem ze swoim Pikachu wyrusza w dalszą podróż – do zupełnie nowego regionu, w którym żyje mnóstwo nowych Pokémonów, zwanego Hoenn.
