Liczba odcinków: 52
Sezon Johto League Champions jest kontynuacją The Johto Journeys. Ash, Misty i Brock, a także ich Pokémony w dalszym ciągu podróżują po Johto. Główny bohater stara się zdobyć kolejne odznaki, oczywiście z powodzeniem. Jessie, James i Meowth za to wciąż uparcie, choć bez sukcesu, próbują uprowadzić Pikachu.
Seria obejmuje podróż z Goldenrod do Cianwood.
Podczas tej serii żaden z przyjaciół nie złapał nowego stworka, co może rozczarować. Doczekamy się za to ewolucji Chikority Asha w Bayleefa oraz Zubata Brocka w Golbata, a następnie w Crobata. Uganiający się za dziewczynami Brock, zwrócił także Vulpixa jego pierwotnej właścicielce, czyli Suzy. Będziemy mogli także zobaczyć legendarne Kieszonkowe Stworki, takie jak lodowy, latający Articuno, czy elektryczny Raikou.
Ash zdobywa trzy kolejne odznaki Ligi Johto. Pokonuje Liderów Sal takich jak Whitney, Morty i Chuck, dzięki czemu do końca sezonu gromadzi pięć odznak. Następnie fabuła przenosi się na Wirujące Wyspy.