Liczba odcinków: 41
W tym sezonie rozpoczyna się całkiem nowa przygoda Asha, Misty i Brocka, który wrócił do ekipy. Zastąpił Tracey’ego — został z Profesorem Oakiem jako jego asystent, a także ich Pokémonów w zupełnie nowym regionie, jakim jest Johto, czyli region położony na zachód od Kanto. Sezon obejmuje podróż od New Bark Town do Goldenrod.
Okazało się, że Profesor Oak nie może rozwiązać zagadki tajemniczego GS Balla. Poprosił więc naszych bohaterów, aby dostarczyli go do eksperta i producenta PokéBalli.
Ash skorzystał z okazji rozpoczęcia wędrówki w nowym regionie i postanowił wziąć udział w Lidze Johto – Srebrnej Konferencji.
W trakcie przygód naszych bohaterów, wciąż pragnie przeszkodzić Zespół R w niezmienionym składzie. Epizodycznie pojawia się także Casey, czyli trenerka, która, tak jak jej rodzina, jest fanką drużyny baseballowej Electabuzzów i kocha Pokémony żółte z czarnymi pasami. Casey zaczęła swoją przygodę z Chikoritą, którą dostała od miejscowego Profesora Pokémon, czyli Profesora Elma, który zamieszkuje New Bark Town.
Podróżując, trójka przyjaciół spotyka mnóstwo zupełnie nowych Pokémonów, których nie spotkali nigdy wcześniej. Paczka wzbogaciła się o kilka nowych stworków (np. Heracross, uparta Chikorita, nietypowo ubarwiony Noctowl i Pineco).
W czasie tego sezonu Ash, pokonując Falknera i Bugsy’ego, zdobywa dwie z ośmiu odznak prowadzących go do Ligi Johto. Następnie wyrusza razem z przyjaciółmi w dalszą podróż, w poszukiwaniu nowych przygód i w celu pokonania pozostałych Liderów Sal.