Liczba odcinków: 52
Advanced Challenge wnosi różne ubarwienia do fabuły. W tym sezonie można zobaczyć powrót przyjaciółki Asha i Brocka, rudowłosą specjalistkę od wodnych Pokémonów – Misty, którą możemy cieszyć się przez dwa odcinki w Królestwie Mirażu. Jej Togepi ewoluuje w Togetica, którego następnie wypuści na wolność w Królestwie, czyli Raju Togepi.
W trakcie podróży May kilkakrotnie odniesie zwycięstwa w Pokazach Pokémon, a Ash będzie trenował i rozgrywał pojedynki o kolejne odznaki. Będzie także okazja do ponownego ujrzenia Profesora Oaka , czyli naukowca zamieszkującego region Kanto, w którym zajmuje się Pokémonami, a także starterów z tego regionu.
Jednym z wydarzeń będą zawody PokéRinger, w których wzięli udział główny bohater, jego towarzyszka oraz James. W dalszym ciągu na terenie Hoenn działają przestępcze organizacje takie jak Zespół R, a także rywalizujące ze sobą zespoły Magma i Aqua.
Do drużyny naszych bohaterów dołącza kilka nowych stworków. Są to Skitty i Bulbasaur May, Torkoal Asha, a także Chimecho, który dołącza do drużyny Jamesa z Zespołu R. Doczekamy się też kilku ewolucji. Treecko i Taillow Asha ewoluują odpowiednio w Grovyle i Swellowa, Torchic May w Combuskena, a Lotad Brocka w Lombre.
Ash zdobywa kolejne trzy odznaki pokonując Flannery, Normana i Winonę, co sprawia, że łącznie ma już 6 odznak regionu Hoenn. May natomiast wygrywa Pokazy Pokémon w Fallarbor, Verdanturf oraz w Lilycove.
Seria obejmuje podróż Asha, May, Brocka i Maxa z Mauville do Lilycove.
