Liczba Odcinków: 65
Liczba Zbanowanych Odcinków: 1
1. Ice Cave
Główne Postacie: Ash, Misty, Brock
Postacie Drugoplanowe: Jessie, James, Gary, Liderzy Gymów.
Główny Wątek: Podróżowanie po Johto i Wyspach Wirów, zdobywanie odznak przez Asha, rozgrywanie pojedynku w lidze Johto przez głównego bohatera
Seria Master Quest toczy się głównie na archipelagu Wysp Wirów. Ash oraz Misty biorą udział w rozgrywkach tego archipelagu. Następnie Ash zdobywa ostatnie 3 odznaki potrzebne do wystartowania w lidze Johto. Niestety nie wygrywa ligi, a jedynie zajmuje miejsce w pierwszej ósemce, ale wiele się uczy. Gdy wraca do Alabastii, dowiaduje się, że Gary wyrusza w nową podróż. Ash, idąc jego śladem, zaczyna swoją przygodę od nowa. Zostawia swoje wszystkie Pokemony, oprócz Pikachu, u Profesora Oak'a. Następnie płynie statkiem do regionu Hoenn.